Article L1226-1 du code du travail dispose que : "Tout salarié ayant une année d’ancienneté dans l’entreprise bénéficie, en cas d’absence au travail justifiée par l’incapacité résultant de maladie ou d’accident constaté par certificat médical et contre-visite s’il y a lieu, d’une indemnité complémentaire à l’allocation journalière prévue à l’article L. 321-1 du code de la sécurité sociale, à condition :

D’avoir justifié dans les quarante-huit heures de cette incapacité, sauf si le salarié fait partie des personnes mentionnées à l’article L. 169-1 du code de la sécurité sociale ;
D’être pris en charge par la sécurité sociale ;

• D’être soigné sur le territoire français ou dans l’un des autres Etats membres de la Communauté européenne ou dans l’un des autres Etats partie à l’accord sur l’Espace économique européen.
• Ces dispositions ne s’appliquent pas aux salariés travaillant à domicile, aux salariés saisonniers, aux salariés intermittents et aux salariés temporaires. Un décret en Conseil d’Etat détermine les formes et conditions de la contre-visite mentionnée au premier alinéa.
  Le taux, les délais et les modalités de calcul de l’indemnité complémentaire sont déterminés par voie réglementaire."

L’article D 1226-1 du même code précise que "L’indemnité complémentaire prévue à l’article L. 1226-1 est calculée selon les modalités suivantes :

• Pendant les trente premiers jours, 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s’il avait continué à travailler ;
• Pendant les trente jours suivants, deux tiers de cette même rémunération."

Ainsi le salarié peut prétendre au complément de salaire versé par l’employeur s’il répond aux conditions fixées par l’article mentionné ci-dessus (Article L 1226-1 du code du travail).

La base de calcul de cette indemnisation versée est constituée de l’ensemble de la rémunération brute que le salarié aurait du percevoir s’il avait continué à travailler.

Les primes habituellement perçues par le salarié peuvent donc être incluses dans cette base. Toutefois, tout dépend de la nature de la prime. En effet, sous réserve des usages ou de dispositions particulières dans les textes qui les instituent, les primes et autres gratifications doivent être incluses lorsqu’elles ne sont pas liées au temps de travail ou de présence effective mais se réfèrent à d’autres critères.
En l’absence de précision contraire dans votre convention collective, la prime d’ancienneté devra être prise en compte dans le calcul de l’indemnisation versée par votre employeur (Cass. soc., 10-4-86, no 83-44981).

Aussi, dès lors que votre prime d’ancienneté n’est pas liée à votre présence au sein de l’entreprise et que l’usage ou la convention collective d’entreprise qui l’institue ne le prévoit pas autrement, votre employeur ne peut pas la diminuer.