Le fait pour un salarié de tomber malade avant d’avoir pris ses congés n’a pas d’incidence sur ceux-ci. Ils sont acquis.
Par ailleurs, en cas de départ de l’entreprise, si le salarié n’a pas été en mesure de prendre la totalité de ses congés payés, l’employeur est tenu de lui verser une indemnité compensatrice pour les jours non pris (art. L 3141-28) peu importe le motif de départ de l’entreprise.
Dans votre cas, le départ à la retraite se situant immédiatement après la fin de l’arrêt-maladie, votre employeur sera en principe tenu de vous verser l’indemnité compensatrice de congés payés.