Il faut tout d’abord rappeler qu’en cas d’arrêt maladie pour motif non professionnel, il existe un délai de carence de 3 jours avant versement des indemnités journalières de sécurité sociale (Article R.323-1 du CSS).
Ensuite, la retenue sur le salaire n’est autorisée que si elle correspond exactement au temps du travail non effectué. Il ne faut donc retenir que la rémunération correspondant au nombre d’heures ou de jours que le salarié aurait effectué s’il n’avait pas été malade (Cour de cassation, chambre sociale, 26 janvier 2011, n° 08–45204).
L’employeur ne peut donc retirer automatiquement l’équivalent de 3 jours de travail sur salaire. Il faut auparavant vérifier si parmi ces 3 jours, il n’y a pas des journées habituellement non travaillées. Par ex : si la carence inclut un jour non travaillé, seuls 2 jours sur les 3 feront l’objet d’une retenue de salaire.
D’autant plus qu’il était prévu que votre arrêt de travail ne dure que deux jours, l’employeur ne peut donc inclure un jour de plus à votre arrêt maladie sous prétexte qu’il s’agisse de votre jour de repos.
Je vous confirme donc que votre employeur n’avait pas à retenir votre jour de repos sur votre bulletin de salaire que votre arrêt ait duré 3 jours ou 2 jours. Si les jours peuvent être décompté en jours ouvrés, il faut cependant les décompter en jours ouvrés d’absence par rapport aux jours ouvrés réels du mois ou jours ouvrés moyens.