Voici quelques éléments de réponse à votre question :

I) La contrepartie des heures supplémentaires.
Les heures supplémentaires effectuées donnent lieu à une majoration salariale de 25% pour les heures accomplies de la 36e à la 43e heures et 50% pour les heures accomplies à partir de la 44e heure (Article 8.1.5.1 de la convention collective applicable).

De plus, l’employeur peut s’acquitter de tout ou partie des heures supplémentaires et/ou de leur majoration en substituant à leur paiement un repos compensateur dit de remplacement d’une durée équivalente. Le choix de la date de ce repos compensateur de remplacement étant subordonné aux nécessités de service (Article 8.1.5.2 de la convention collective applicable).

II) La pause déjeuner.
Chaque salarié bénéficie d’une pause de 20 minutes obligatoire, au bout de six heures de travail échues (L.3121-33 du Code du travail ; Article 8.1.1 de la convention collective applicable).

La circulaire du 24 juin 1998 relative à la réduction du temps de travail a précisé que « le cas échéant, cette pause peut être située avant que cette durée de 6 heures ne soit entièrement écoulée ».

En effet, en cas de journée continue, l’employeur est tenu de donner une coupure pour le repas de midi de 30 minutes minimum fixée pour chaque salarié en fonction des travaux à exécuter, mais au plus tôt à partir de 11 heures et au plus tard jusqu’à 15 heures (Article 8.1.7 de la convention collective applicable).

Dans le cas présent, les heures supplémentaires que vous effectuez n’ont aucune incidence sur l’organisation de votre pause. Effectivement les heures supplémentaires ne donnent lieu qu’à une majoration salariale ou à un repos compensateur.

Ainsi, vous avez le droit à une pause de 30 min par jour pour déjeuner et vous pouvez toujours réclamer du temps supplémentaire à votre employeur à cet effet. Cependant, il faut savoir que celui-ci n’est pas tenu d’accepter.