La mise en place d’un aménagement du temps de travail sur une période supérieure à la semaine nécessite normalement un accord collectif (d’entreprise ou de branche). Lorsque la période de référence est inférieure à une année, constituent des heures supplémentaires :
-  les heures effectuées au-delà d’une durée hebdomadaire moyenne de 35 heures, calculée sur la période de référence, déduction faite le cas échéant des heures supplémentaires déjà prises en compte dans le cadre hebdomadaire ;
-  les heures effectuées au-delà de la limite hebdomadaire supérieure à 35 heures, éventuellement prévue par l’accord, dont la rémunération est payée avec le salaire du mois considéré (art. L. 3121-44, al. 7 du code du travail).

Si la période de référence est annuelle, constituent des heures supplémentaires :
-  les heures effectuées au-delà de 1 607 heures (art. L. 3121-41), ou celles effectuées au-delà d’un seuil inférieur en vertu d’un accord collectif exprès sur ce point (art. L. 3121-44, al. 6) ;
-  les heures de travail effectuées au cours d’une même semaine au-delà d’une limite hebdomadaire supérieure à 35 heures, lorsqu’un tel plafond est prévu par l’accord collectif. La rémunération est payée avec le salaire du mois considéré. Ces heures supplémentaires n’entrent pas alors dans le décompte des heures travaillées à l’issue de la période de référence (art. L. 3121-44, al. 7).

A défaut d’accord collectif (d’entreprise, d’établissement ou de branche), l’employeur peut mettre en place une répartition sur plusieurs semaines de la durée du travail par décision unilatérale. Cette répartition peut se dérouler (art. L. 3121-45) :
-  sur une période maximum de 9 semaines pour les entreprises employant moins de 50 salariés ;
-  sur une période maximum de 4 semaines pour les entreprises employant 50 salariés et plus.

En l’absence d’accord collectif, cette disposition légale donnant la possibilité à l’employeur d’organiser la durée de travail sous forme de périodes de travail et d’imposer unilatéralement la répartition des horaires sur une période de 4 semaines s’impose aux salariés, ceux-ci ne pouvant s’y opposer au motif qu’il s’agirait d’une modification du contrat de travail (Cass. soc., 11-5-16, n° 15-10.025).

L’employeur doit établir le programme indicatif de la variation de la durée du travail. Ce programme doit être soumis, avant sa première mise en œuvre, à la consultation du CSE, s’il existe. Les salariés sont prévenus des changements de leurs horaires de travail dans un délai de 7 jours ouvrés avant la date de ce changement (art. D. 3121-27 du code du travail).

En cas de modification des horaires, l’employeur doit également consulter le CSE. L’employeur doit également transmettre le programme indicatif à l’inspection du travail (art. D. 3171-4). En cas de modification des horaires, l’employeur doit transmettre les nouveaux horaires à l’inspecteur du travail.

En cas de mise en place, par une décision unilatérale, d’un dispositif d’aménagement du temps de travail sur une période de référence supérieure à la semaine, les heures supplémentaires sont fixées à la fin de cette période (art. L. 3121-41). Constituent des heures supplémentaires, les heures effectuées au-delà d’une durée hebdomadaire moyenne de 35 heures calculée sur la période de référence.

Exemple : si la période de référence est 4 semaines et que le salarié a effectué 40 heures les 3 premières semaines et 28 heures la dernière semaine, à la fin de la période des 4 semaines, il aura effectué 148 heures, soit une moyenne de 37 heures, soit 2 heures supplémentaires par semaine sur 4 semaines.