Il faut tout d’abord distinguer les congés acquis de l’acquisition des congés.

Le placement en arrêt maladie ne fait pas perdre des congés déjà acquis par le salarié précédemment à la suspension du contrat.

Lorsque le salarié en arrêt maladie et n’a pas pu prendre ses congés payés annuels sur l’année prévus par la loi ou la convention collective, les congés acquis sont reportés après la date de reprise du travail (cass. soc. 27 septembre 2007, n° 05-42293).

Cela veut donc dire que les congés que vous avez acquis avant votre arrêt maladie vous seront octroyé à la suite de ce dernier, et ce, même si la période de référence de prise des CP à expiré (même si les CP devaient être pris avant le 31 mai).

Pour ce qui est de l’acquisition des congés, les salariés acquièrent 2,5 jours ouvrables de congés par mois de travail effectif accompli chez le même employeur sur une période de référence (c. trav. art. L. 3141-3).

Ainsi, en principe, le salarié n’accumule pas de droits à congés payés quand il est absent et qu’il n’a pas accompli un mois de travail effectif.

Toutefois, certaines absences sont assimilées à des périodes de travail effectif pour le calcul de la durée du congé auquel un salarié a droit. C’est notamment le cas des :
• Périodes limitées à une durée ininterrompue d’un an, pendant lesquelles l’exécution du contrat de travail est suspendue pour cause d’accident du travail ou de maladie professionnelle (sauf en cas de rechute) (c. trav. art. L. 3141-5) ;
• Arrêts de travail pour accident de trajet dans la limite d’une année ininterrompue (cass. soc. 3 juillet 2012, n° 08-44834).

A l’inverse, pour ce qui concerne les arrêts de travail pour maladie non professionnelle, la Cour de cassation s’en tient au code du travail qui ne cite pas la maladie dans les périodes considérées comme travail effectif pour la détermination de la durée du congé (c. trav. art. L. 3141-5).

Dans le cas présent, si vous vous trouvez en arrêt maladie pour une raison professionnelle, vous continuez à accumuler 2.5 jours de congés par mois. A l’inverse, s’il s’agit d’un arrêt maladie d’origine non professionnelle, l’employeur est en droit de ne pas ajouter à votre compteur de congés acquis, des jours de congés pour les 3 mois écoulés.